本書原為1923年鞦至1924年春夏間，梁啓超在清華等校講授“中國近三百年學術史”課程的講義，成書後共分十六講。中國國傢圖書館普通古籍閱覽室藏有題為《中國近三百年學術史》的“清華學校講義”一冊，現存第一至十二講（第十二講未完）內容，經過與當時聽講者迴憶的對照，應即為梁啓超在清華學校的講義原本。（以下簡稱“講義本”）

該書部分章節，在齣版單行本前，曾在報刊上發錶，計有：

（一）《清代政治之影響於學術者》，即第二、三、四講“清代學術變遷與政治的影響”（上）、（中）、（下），原載1923年12月1日齣版的《晨報五周年紀念增刊》。

（二）《清學開山祖師之顧亭林》，即第六講“清代經學之建設”中有關顧炎武之部分，原載1924年3月2日至6日《晨報副鎸》。

（三）《清代學者整理舊學之總成績》，相當於單行本第十三至十五講，原載1924年6月至9月商務印書館齣版的《東方雜誌》第21捲第12、13、15-18號。

（四）《中國近三百年學術史》，包含第一至十二講全部內容，自1924年4月（實則7月以後）至1925年10月（實則11月以後），連載於東南大學史地研究會編、商務印書館發行的《史地學報》第3捲第1、2閤期、第3-8期；經比對，該種即為轉載前述“清華學校講義”本。（上述四種，以下簡稱“報刊本”）

1926年7月，上海民誌書店刊行瞭《中國近三百年學術史》的首個單行本，至1929年10月已發行至第四版（以下簡稱“民誌本”）。1936年，林誌鈞主編的《飲冰室閤集》由上海中華書局齣版，在“專集”部分收入該書，並將報刊本及民誌本所用新式標點改為舊式斷句，成為此後該書較為通行的版本（以下簡稱“《閤集》本”）。可能由於成書倉促，這兩種單行本均有較多印刷錯誤。

“清華學校講義”為本書最初版本，亦可視為民誌、《閤集》兩種單行本的母本。早先發錶於《東方雜誌》等報刊的部分，在收入民誌、《閤集》二本時稍有增刪，但整體內容變化不大。講義本、報刊本雖為梁氏未定稿，較之後齣單行本，錯誤反而較少。故本次校訂，遵循早齣講義本、報刊本為先的原則：

（一）第一講至第十二講，見於“清華學校講義”的部分，以講義本為底本，參校報刊本及民誌、《閤集》二本；國圖藏講義本有缺頁，補以《史地學報》轉載本。

（二）第十三講至十五講，見於《東方雜誌》的部分，以報刊本為底本，參校民誌、《閤集》二本。

（三）其餘部分，則以較為完整的《閤集》本為底本，參校民誌本。

具體凡例如下：

1、底本無誤者，參校本有異同一般亦不齣校記。

2、底本及參校本皆誤者，直接在文中修正：擬改之字以［　］錶示，擬增之字以【　】錶示，衍字以｛　｝錶示。明顯錯字、藉字，如“已”、“己”、“巳”混用，“很”作“狠”，“著”作“箸”之類，徑行在文中改正。

3、參考底本所用標點，轉換為現行標點符號；繁體字、異體字改為簡化字。底本以“□”錶示待補字，“（？）”錶示存疑，連續星號（*）錶示段落區隔，均予保留。

4、為存梁氏定本麵貌，凡後齣單行本對講義本、報刊本有大段增刪處，以及章節劃分、章節名有更改處，仍依《閤集》本為底本，參校民誌本，並在校記中說明。但該部分個彆字句的增刪，則以講義本、報刊本為主。

5、該書徵引前人著作，或轉引他書，或僅憑記憶，或隱括大意，與原書字句往往相異。為存梁氏著作風格，除非影響文義或齣現知識性錯誤之處，其他引文與原書字句有齣入者，一般不加校改。